Der er så megen snak om proteiner! Hvad er de egentlig for nogle og hvordan ser de ud? Kort sagt er proteiner molekyler sammensat af såkaldte aminosyrer. Der findes tyve naturligt forekommende aminosyrer, som kan forbindes på utallige måder og danner lange kæder – peptider. De forskellige aminosyrers kemiske og fysiske egenskaber gør, at kæderne folder sig i tre dimensioner og dette giver proteinerne deres forskellighed og unikke egenskaber. Men kan vi se disse strukturer? Ja, men ikke med det blotte øje. Og ej heller med et mikroskop. Til gengæld kan man ved hjælp af teknikker som røntgenkrystallografi og NMR vise proteiners struktur. I Protein Data Bank kan forskere, der har udredt et givent proteins struktur, indsende denne så resten af verden kan få glæde af den. For nyligt publiceredes proteinstruktur nummer 10.000 i den europæiske del af databasen. Der er tale om strukturen af det såkaldt MHC klasse 1 molekyle fra en kylling. Dette protein findes på overfladen af stort set alle celler i dyr og mennesker og bruges af immunforsvaret til genkende organismens egne celler fra fremmede.

PDB ID: 2YF6 - Chappell, P., Roversi, P., Harrison, M.C., Mears, L.E., Kaufman, J.F., Lea, S.M. (2011) B21 Chicken Class I Mhc Molecules and Promiscuous Peptide Binding (To be published)

Men ser proteinet sådan ud? Med guirlander og serpentinere i alverdens farver? Nej, men pænt ser det da ud – og har også tidligere inspireret Museion-folk til at udfolde sig kreativt. Farverne og formerne skal ikke tages så bogstaveligt, men kan alligevel fortælle os en del om proteinets struktur. F.eks. betyder en serpetiner-lignende struktur at proteinet på det givne sted i kæden er foldet i en såkaldt helix-struktur. Farverne bruges til at illustrere de forskellige dele af proteiner – såkaldte domæner – som måske har en selvstændig struktur eller specifik funktion. Disse billeder kan give os en idé om, hvordan proteinet fungerer i en biologisk sammenhæng, og hvorledes det måske interagerer med andre molekyler. I PDB-systemet findes også små programmer, man kan hente og selv manipulere med billederne og fremhæve de detaljer, man har lyst til. F.eks. viser programmet Kiosk strukturen i levende billeder. Prøv det selv her (kræver Java Web Start)…

Tagged with →  
Share →